Un Ecosistema Modular para la Medicina de Precisión
ColabBio proporciona una suite completa de módulos interoperables construidos para una estricta gobernanza de datos, IA escalable e investigación clínica.
Plataforma Base y Provisión
Infraestructura subyacente en Kubernetes y VMs que proporciona servicios escalables Zero-Trust.
- Provisión Declarativa: Two-Files Stack (
vfs.yaml+study.yaml) en Local, VM y K8s. - Multi-Tenancy: Separación estricta de namespaces física y lógica.
- Despliegue: Despliegue como VMs/MicroK8s independientes o integración en clústeres empresariales.
- IAM (OIDC): Autenticación centralizada usando Keycloak y OAuth2.
- Políticas de Red: Segmentación de red Zero-Trust.
Medical FUSE VFS (Zero-Copy)
Sistema de archivos virtual POSIX unificado que abstrae fuentes complejas de datos médicos.
- Traducción POSIX: Trata OMOP, FHIR y DICOM como archivos locales nativos.
- Caché en Streaming: Caché agresivo, precarga de mosaicos y aceleración de lectura.
- Zero-Copy: Acceso directo para entrenamiento en GPU sin duplicar conjuntos de datos gigapíxel.
Servidores Clínicos MCP
Microservicios médicos estandarizados sobre el Model Context Protocol (FastMCP/SSE).
- mcp-omop: Consulta de cohortes longitudinales y vocabularios SNOMED-CT / RxNorm.
- mcp-dicom: Búsqueda PACS (QIDO-RS) y resolución de series (WADO-RS).
- mcp-fhir y mcp-omero: Conectores de registros clínicos EHR e imágenes WSI gigapíxel.
Preprocesamiento SlideLab
Pipeline de alto rendimiento para preparación de WSI antes del entrenamiento de IA.
- Enmascaramiento (Tissue Masking): Extracción automatizada de tejido relevante.
- Normalización: Algoritmos de normalización de color Macenko y Vahadane.
- Extracción de Mosaicos (Tiling): Generación eficiente de embeddings H5 para MIL.
MLOps e Inferencia Empresarial
Gestión integral del ciclo de vida para modelos de *deep learning* y entrenamiento distribuido.
- NVIDIA Triton: Servidor de inferencia dinámica acelerado por GPU.
- MLflow Registry: Versionado, artefactos y seguimiento centralizado de modelos.
- NVFlare: Agregador de aprendizaje federado con privacidad garantizada.
Pipelines End-to-End
Automatización completa desde datos crudos hasta *insights* clínicos.
- Ingesta y Procesamiento: Pipelines Nextflow ETL automatizados para datos clínicos.
- Entrenamiento y Registro: Orquestación de entrenamiento y seguimiento en registro.
- Inferencia Multi-modal: Despliegue automatizado a Triton para consumo clínico.
Companion Clínico & Herramientas
Copiloto clínico agéntico y determinista para patólogos y oncólogos con LangGraph4j.
- 19 Herramientas Clínicas: Razonamiento auditable y contrastado sin alucinaciones.
- Grafo de Estado Cíclico: Planificación adaptativa, validación de requisitos y ejecución.
- Streaming en Tiempo Real: Emisión de eventos WebSocket para mapas de calor y tarjetas de paciente.
Visor de Patología (cb_path_viewer)
Lienzo de visualización clínica de nueva generación para Whole Slide Images gigapíxel.
- Zero-Footprint: Renderizado HTML5 WebGL/Canvas puro, sin plugins de navegador.
- IA en Tiempo Real: Superposición dinámica de mapas de calor diagnósticos.
- Integración OMERO: Integración nativa con servidores OMERO institucionales.
Estándares de Interoperabilidad
El soporte nativo para los estándares globales de datos sanitarios garantiza una integración perfecta con la infraestructura TI hospitalaria existente.