ColabBio

Avanzando la Medicina de Precisión
mediante Open Source

Una iniciativa dedicada a crear soluciones RWE y de Medicina de Precisión integrando y desarrollando tecnologías open-source en Informática Clínica, Bioinformática, Infraestructura Cloud y MLOps.

Explorar ProyectosColaboracionesSobre Nosotros

Nuestros contribuidores principales provienen de entornos académicos y de investigación en:

UCSFUCSD Moores Cancer CenterUCSC Genomics InstituteUC DavisEMBLCNICJCVIUPMStartups de IA de Silicon Valley

Tendiendo puentes en la innovación sanitaria entre California, Florida y España.

Proyectos Open Source

Base Platform

Plataforma Base ColabBio

El framework de código abierto e infraestructura que sustenta el ecosistema ColabBio, diseñado para investigación escalable y reproducible con capacidades integradas de Aislamiento Multi-Tenant y Aprendizaje Federado.

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Pathology Viewer

Visor de Patología IA Multi-modelo

Una herramienta de visualización avanzada para patología digital. Soporta inferencia IA multi-modelo en tiempo real para análisis de placas, anotaciones y detección de biomarcadores.

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FUSE VFS

VFS Médico FUSE

Un sistema de archivos virtual (VFS) unificado basado en FUSE, que proporciona acceso nativo e integrado a diversos almacenes de datos médicos incluyendo estándares OMOP, FHIR, DICOM y genómicos.

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MLOps Inference
AI-Ready

MLOps e Inferencia Empresarial

Inferencia dinámica acelerada por GPU usando NVIDIA Triton y MLflow. Integra NVIDIA NVFlare de forma transparente para aprendizaje federado con dockers personalizados.

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Servidores Clínicos MCP
FastMCP

Servidores Clínicos MCP

Microservicios estandarizados Model Context Protocol para OMOP CDM, DICOMweb, OMERO y FHIR. Conexión segura de datos clínicos con agentes de IA.

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Companion Clínico
LangGraph4j

Companion Clínico & A2UI

Copiloto clínico agéntico con 19 herramientas médicas deterministas. Streaming en tiempo real de Server-Driven UI (mapas de calor, tarjetas) al visor.

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SlideLab Preprocesamiento

Preprocesamiento SlideLab

Pipeline de patología computacional de alto rendimiento. Enmascara, normaliza y trocea imágenes gigapíxel (WSI) para entrenamiento de IA.

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Arquitectura de Grado Empresarial

ColabBio está construido desde cero para una gobernanza de datos estricta, escalabilidad horizontal y una IA que preserva la privacidad.

🔒

Aprendizaje Federado y Ciclo Activo

RWE en el Borde. Los algoritmos viajan a los datos del hospital, garantizando 100% de privacidad. Los bucles de aprendizaje continuo asisten a los patólogos en tiempo real.

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🏢

Aislamiento Multi-Tenant

Aislamiento estricto de bases de datos y namespaces. Comparte clústeres de forma lógica, o despliega nodos edge físicamente aislados en una red zero-trust.

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🚀

Despliegue Flexible

3 Niveles de Despliegue: desde Docker Compose local para pruebas rápidas, hasta clústeres MicroK8s on-premise en hospitales, y Cloud IaC escalable (Terraform).

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Medicina de Precisión y Pipeline Traslacional

Soporte integral para la innovación en salud digital, cubriendo la traslación, RWE on edge y validación clínica. Ayudamos a Startups, compañías Farmacéuticas y Centros de Investigación con sus necesidades traslacionales en Europa y LATAM.

1

Definición

Definición de guías clínicas, casos de uso y requerimientos técnicos.

2

Pilotaje, Edge Training & Validation

Estudios de viabilidad, aprendizaje federado y ajuste fino algorítmico en entornos controlados.

3

Certificación

Cumplimiento normativo (FDA/CE), auditorías de seguridad y certificación de interoperabilidad.

4

Despliegue

Despliegue comercial a gran escala, integración con HCE (EMR) y monitorización continua.

Abiertos a Alianzas de Investigación

Buscamos activamente centros de investigación, hospitales e instituciones académicas para colaborar en becas públicas, consorcios (ej., Horizon Europe) y pilotos científicos de código abierto.

Colabora con Nosotros

Servicios Profesionales y Comerciales

Para despliegues profesionales, integración propietaria con historias clínicas (EMR) y servicios fuera del ámbito de la investigación abierta, visite ColabBio.net, una iniciativa impulsada por HealthCentrix.

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Proyecto Insignia

Piloto: SlideLab/abMiL

Un proyecto insignia de patología computacional que demuestra el poder de la arquitectura open-source de ColabBio.SlideLab/abMiL tiene como objetivo desarrollar modelos de IA robustos capaces de identificar regiones cancerosas en Whole Slide Images (WSIs) sin depender de anotaciones costosas a nivel de píxel.

Aprovechando el Aprendizaje de Instancia Múltiple Basado en Atención (ABMIL) y extrayendo características usando modelos fundacionales, el modelo aprende puramente de etiquetas débiles a nivel de placa.

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Nuestro Equipo

Conoce al equipo central y la red académica que impulsa la bioinformática de código abierto.

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